Innerhalb der Jusos Main-Kinzig können themenspezifische Arbeitskreise (AK) gegründet werden, die gemeinsame Treffen oder öffentliche Veranstaltungen planen und durchführen. Innerhalb des Verbandes ist jede*r willkommen, einen neuen Arbeitskreis zu gründen.

Aktuell bestehen bei den Jusos Main-Kinzig vier Arbeitskreise (AK):
(AK) Schule und Ausbildung, (AK) Verbandspflege, (AK) bezahlbarer Wohnraum im Main-Kinzig-Kreis, (AK) Umwelt.